- Bispeembedet har tilsynet med præsterne og det kirkelige liv i sognene.
- Stiftsøvrigheden har tilsynet med sognenes administrative og økonomiske forhold.
Stiftsøvrigheden består af biskoppen og stiftamtmand Henrik Horster. Stiftsøvrigheden opgave er at være tilsynsfunktion. Det vil sige at sikre, at beslutninger og iværksættelsen af dem sker i overensstemmelse med gældende lovgivning I det daglige tilsynsarbejde får stiftsøvrigheden hjælp af stiftsadministrationen, som ledes af en stiftskontorchef. Provster og provstiudvalg samarbejder også med stiftsøvrigheden om løsning af tilsynsopgaver og såkaldt legalitetskontrol.
Derudover er stiftsøvrigheden rådgivende i en række juridiske, økonomiske og tekniske spørgsmål. Det handler bl.a. om at godkende ændringer af kirkebygninger, kirkegårde og præsteboliger - f.eks. udvidelse af en kirkegård.
De af ministeriet udpegede konsulenter (f.x. den kgl. bygningsinspektør, varmekonsulenten m.fl.) vil ofte være inddraget i forbindelse med rådgivningen.
Stiftsøvrighedens typiske myndighedsopgaver er:
- Plansager, dvs. høringer i forbindelse med lokalplaner og overordnet kommunal planlægning
- Høringer i forbindelse med tiltag i kirkens nære og fjerne omgivelser, dvs. tiltag som påvirker indsigten til og udsigten fra kirken
- Sagsbehandling af istandsættelse af kirkebygninger og andre bygninger inden for kirkegårde
- Sagsbehandling ved istandsættelse af fredede præstegårde
Udover disse myndighedsopgaver yder stiftsadministrationen rådgivning til stiftets præster og menighedsråd.
I det daglige arbejde på Fyens Stifts kontor fylder rådgivningsopgaverne en hel del mere end den egentlige kontrolvirksomhed. Det er helt bevidst. Jo mere og bedre rådgivning, des mindre kontrol er der efterfølgende brug for. Det ser Stiftsøvrigheden på Fyn som en forudsætning for, at der kan være et tillidsfuldt samarbejde mellem folkekirkens forskellige kompetenceområder.
Biskoppen og stiftamtmanden udgør i fællesskab Stiftsøvrigheden.